Сюжет рассказывает нам о том, что бы было, если бы в бою Сенджу Хаширамы и Учихи Мадары победил второй. Диктатор Мадара пришел к власти. Когда деревня Листвы набрала силы, Мадар заключил союз с Кири, где в то время правил Ягура. После этого Мадара объявил войну всем деревням.
Сюжет остановился на событиях Шиппудена. Наруто, который все время рос во лжи теперь злой и жестокий. Клан Учиха жив, включая Саске и Итачи, которые сражаются на стороне Конохи. Мизукаге - Ягура. В Иве правит Ооноки. В Кумо четвертый Райкаге. В деревне песка к власти пришел Гаара. Орочимару принял нейтральную сторону и сейчас накапливает силы. Акацуки готовы ловить биджу, они объявили войну всем странам, в итоге получился военный треугольник. На стороне Акацуки 100.000 белых Зецу и сильнейшие шиноби отступники.
Кто победит, решать только вам! Война началась не так давно и лишь игроки могут повлиять на ее исход. Все в ваших руках!